食物中含有的糖和氨基酸（氨基酸是構成蛋白質的主要成分），在高溫處理后會發生一種叫做美拉德反應的現象。美拉德反應會使食物呈現出金黃的色澤與香氣，并生成丙烯酰胺。咖啡豆在可以制作咖啡之前，需要經過烘焙過程。在這個過程中，也會發生美拉德反應，并生成丙烯酰胺。

        況且，無論是咖啡還是其他食品，丙烯酰胺的成分都非常之低，大概只有幾億分之一個單位。所以，當美國加州要求在咖啡杯上標注飲用咖啡可能致癌字樣的時候，引起了很大的爭論。很多人都認為不應該在證據尚不明確的時候就給丙烯酰胺“定罪”。

 愛喝咖啡的人也許知道咖啡有利于排便。美國的一項動物實驗顯示，喝咖啡確實能促進腸道蠕動，還能改變腸道菌群，但這些都與咖啡因的含量無關。咖啡產生此類功效的具體機制還有待研究。
    美國得克薩斯大學醫學分部的研究人員用大鼠進行了動物實驗，并在2019年美國“消化疾病周”活動上發布了最新研究成果。
     研究顯示，當把大鼠糞便暴露在咖啡含量為1.5%的溶液中，糞便中的細菌和其他微生物的生長會受到抑制；在咖啡含量為3%的溶液中，這種抑制效果更加明顯。研究人員還發現，脫咖啡因的咖啡對微生物也具有類似的作用。
隨后，研究人員又讓大鼠連續3天攝入不同濃度的咖啡，結果發現，大鼠糞便中的細菌數量整體下降。不過研究人員說，      還需要更多研究來確定這些變化總體上是否有利于腸道中的菌群。
     研究人員還發現，在攝取咖啡一段時間后，大鼠小腸和結腸的肌肉表現出更強的收縮能力；在實驗室環境中讓咖啡直接接觸肌肉組織，也能發現這種刺激作用。
    研究人員表示，雖然他們并未揭示哪種成分讓咖啡具備了上述作用，但研究結果至少表明，要確定喝咖啡能否用于治療腹部手術后的便秘或腸梗阻，還需要進行更多的臨床研究。